住房公积金个人购房贷款的担保方式的变化可分为三个阶段：

1992年至1996年2月为第一阶段。这一阶段发放的个人住房公积金贷款所采取的担保方式是抵押加单位第三人保证。借款人除了将所购住房抵押给贷款银行外，借款人所在的单位要向贷款银行承诺，当借款人不能履行还款义务时，单位承担连带保证责任。这一担保方式虽然保证了住房公积金贷款资金的安全，但对借款人和借款人所在的单位来说带来诸多不便。在人才流动日益频繁的情况下，单位担保的方式限制了人才流动，也增加了单位的负担。

1996年3月至2000年底为第二阶段。这一阶段发放的住房公积金个人购房贷款采取抵押的担保方式。当1995年第八届全国人大常委会第14次会议审议通过《中华人民共和国担保法》后，有关机构对这种抵押加单位保证的担保方式进行了重新审视，并对《职工住房抵押贷款办法》进行了修改。1996年3月修订后的《职工住房抵押贷款办法》规定，住房公积金贷款采取抵押的担保方式。

第三阶段是将由住房置业担保公司对住房公积金个人购房贷款予以保证的担保方式，1999年7月上海市政府出台了《上海市住房公积金个人购房贷款管理办法》，同年11月，市住房委员会制定了《上海市住房公积金个人购房贷款管理办法实施细则》，明确了住房公积金个人购房贷款担保由经市公积金管理中心认可的住房置业担保公司进行连带责任保证。同时，借款人将住房抵押给担保公司作为反担保。由住房置业担保公司对住房公积金个人购房贷款进行担保是减少贷款环节、提高贷款中介服务质量、降低贷款风险的改革措施。